Настройка VNC сервера в Linux
yum install vnc-server

Под пользователем, под которым заходить:
vncpasswd
или
su user -c vncpasswd
Будет создан файл с паролем в домашней директории пользователя
/home/user/.vnc/passwd

Отредактировать /etc/sysconfig/vncservers (он добавляет переменные окружения)
Для каждого пользователя добавить запись в параметр
VNCSERVERS="1:user1 2:user2"
Для каждого пользователя отредактировать опции
VNCSERVERARGS[1]="-geometry 640x480"
VNCSERVERARGS[2]="-geometry 800x600"
Опции:
"-localhost" запретить подключение удаленным пользователям, не используя SSH ткннель (рекомендуется)
"-nohttpd" запретить подключение Web клиентам
"-nolisten tcp" запретить X соединения к VNC серверу через TCP
"-rfbport 6900" использовать порт, отличный от порта по умолчанию (5900)

Запускаем и останавливаем VNC
service vncserver start
service vncserver stop
Будет создан файл
/home/user/.vnc/xstartup
Его необходимо отредактировать
Раскомментировать строки:
unset SESSION_MANAGER
exec /etc/X11/xinit/xinitrc
Запустить сервер
service vncserver start

Чтобы работал буфер обмена должна быть запущена утилита vncconfig
Можно отредактировать /home/user/.vnc/xstartup для ее запуска:

#!/bin/sh
# Uncomment the following two lines for normal desktop:
# unset SESSION_MANAGER
# exec /etc/X11/xinit/xinitrc
[ -x /etc/vnc/xstartup ] && exec /etc/vnc/xstartup
[ -r $HOME/.Xresources ] && xrdb $HOME/.Xresources
xsetroot -solid grey
vncconfig -nowin &
exec gnome-session &

VNC через SSH в Linux
Чтобы использовать VNC через ssh канал (для большей защиты), то подключаться следующим образом:
vncviewer via user1@example.com localhost:1

VNC через SSH в Windows
Необходимо создать тоннель средствами putty, а затем подключаться на отображенный локальный порт.
SSH - Tunnels
Source port 5901
Destination 127.0.0.1:5901


VNC - Удаленный рабочий стол в Linux

VNC для Windows:
UltraVNC Free
TightVNC Free, GPL
Real VNC Есть free версия с ограничениями
Организация SSH туннеля