Запуск VM из консоли
qm start 100

Сжатие qkow2 файла до реального размера
1) Забить 0 пустое пространство в каждом разделе
dd if=/dev/zero of=/some/file
Для вывода прогрессбара использовать утилиту pv dd if=/dev/zero |pv>/some/file
delete /some/file

2) Забить 0 раздел swap
Отключить SWAP
swapoff -a
dd if=/dev/zero |pv>/dev/hda3
где /dev/hda3 - раздел SWAP

2) Выключить VM. Перейти в директорию с образами
qemu-img convert -O qcow2 -p original_image.qcow2 deduplicated_image.qcow2
3) Переименовать старый и новый файлы, запустить VM

Включить SWAP
mkswap -L SWAP /dev/hda3
где /dev/hda3 - раздел SWAP, -L SWAP метка как в fstab
swapon -a